Με το πρώτο άρθρο του Σουλτανικού Φιρμανίου της 27ης Φεβρουαρίου (π.η.) 1870 ιδρύθηκε, εν αγνοία του Πατριαρχείου, η Βουλγαρική Εξαρχία. Από τις 13 εκκλησιαστικές επαρχίες που πέρασαν στην ευθύνη της, μόνο η Μητρόπολη Βελεσών θα μπορούσε τυπικά να χαρακτηρισθεί ως μακεδονική. Όμως, σύμφωνα με το δέκατο άρθρο του φιρμανίου, στην Εξαρχία μπορούσαν να προσχωρήσουν κι άλλες μητροπόλεις, εφόσον το ζητούσαν τουλάχιστον τα 2/3 του ποιμνίου τους. Το φιρμάνι αυτό θεωρείται ως η ληξιαρχική πράξη γεννήσεως του Μακεδονικού Ζητήματος, αλλά δεν είναι. Οι προϋποθέσεις για την δημιουργία αντιμαχομένων παρατάξεων και η εθνικοποίηση των διαφορών αυτών ήταν προϊόν των πολιτικών, κοινωνικών και οικονομικών ανακατατάξεων που προκάλεσε ο Χάρτης του Χαττ-ι-Χουμαγιούν (Φεβρουάριος 1856). Ο χάρτης αυτός οδήγησε σε μεταβολές του γαιοκτητικού καθεστώτος προς όφελος των Χριστιανών και κατέστησε επισήμως κληρονομήσιμο το τσιφλίκι. Δημιούργησε επίσης τις προϋποθέσεις για δημόσια έργα και για την μεταβολή του φοροεισπρακτικού και του πιστωτικού συστήματος. Τέλος, στο πλαίσιο της συντάξεως κωδίκων δικαίου, αιτήθηκε από το Πατριαρχείο η σύνταξη γενικών κανονισμών διοικήσεως των Ορθοδόξων, με τη συμμετοχή των λαϊκών. Η ολοκλήρωση και η εφαρμογή των κανονισμών οδήγησε αλυσιδωτά -ήδη μέσα στη δεκαετία του 1860- στην ανάδειξη διαφόρων δυνάμεων· δυνάμεων εκσυγχρονιστικών, που επιδόθηκαν στην ίδρυση σχολείων αλλά και δυνάμεων διασπαστικών, που μπορούσαν ελεύθερα να εκφραστούν, μετά την εισαγωγή κάποιων αρχών δημοκρατικότητος στην διοίκηση των κοινοτήτων. Πολλές φορές διασπαστές και εκσυγχρονιστές ήταν τα ίδια πρόσωπα που χρησιμοποιούσαν την εκπαίδευση ως ένα αποδοτικό εργαλείο διευρύνσεως και μορφοποιήσεως των «κομματικών» τους χώρων, που δεν ήταν άλλοι από την ελληνική, τη βουλγαρική και την ρουμανική παράταξη. Στο πλαίσιο αυτό, το δέκατο άρθρο του φιρμανίου του 1870 έθετε το «εκλογικό όριο», που επέτρεπε και τυπικά την πλήρη μεταβίβαση της εξουσίας: ήταν τα 2/3 των Ορθοδόξων κατοίκων.
Τη στιγμή που το βουλγαρικό εθνικό κίνημα βρισκόταν σε εξέλιξη, η σημασία της εκκλησιαστικής οριοθετήσεως της Εξαρχίας δεν ήταν μία απλή διαδικαστική λεπτομέρεια. Το θέμα των «μικτών» επαρχιών, στις οποίες περιλαμβάνονταν και πολλές μακεδονικές, εμπόδισε την επαναπροσέγγιση του Πατριαρχείου και των Βουλγάρων το 1871, ενώ ξεχωριστή βουλγαρική εθνοσυνέλευση επεξεργαζόταν τους δικούς της γενικούς κανονισμούς. Την επομένη χρονιά (1872), η εκκλησιαστική ένταση κορυφώθηκε και οι βουλγαρικοί γενικοί κανονισμοί τέθηκαν σε εφαρμογή με τουρκική διαταγή. Ο Πατριάρχης Άνθιμος ΣΤ΄ προχώρησε στον αφορισμό των πρωτοστατών Βουλγάρων αρχιερέων και, κάτω από τις πιέσεις μερίδος λαϊκών, στην κήρυξη ως σχισματικών τόσο των κληρικών όσο και των λαϊκών που συνέπρατταν με τους αφορισμένους. Το θρησκευτικό σχίσμα και ο αφορισμός βοήθησαν την περαιτέρω απομάκρυνση των δύο παρατάξεων, των Πατριαρχικών και των Εξαρχικών, και κυρίως την γεωγραφική διεύρυνσή της. Αγροτικές κοινότητες, όπου απουσίαζαν οι κοινωνικοί ή οι οικονομικοί ανταγωνισμοί, βρέθηκαν σύντομα αντιμέτωπες με υπέρτερα θεωρητικά διλήμματα: η άσκηση των θρησκευτικών τους καθηκόντων, μέσω της μίας ή της άλλης εκκλησίας, προϋπέθετε τον εθνικό αυτοπροσδιορισμό τους. Με ποιά όμως κριτήρια θα αποφάσιζαν;
Από το δίλημμά τους αυτό ανέλαβαν να τους βγάλουν οι ελληνικοί εκπαιδευτικοί μηχανισμοί, που είχαν ήδη δομηθεί στην Αθήνα και την Κωνσταντινούπολη: ο «Σύλλογος προς Διάδοσιν των Ελληνικών Γραμμάτων» υπό την προεδρεία πλέον του Νικολάου Μαυροκορδάτου, ο «Ελληνικός Φιλολογικός Σύλλογος Κωνσταντινουπόλεως», αναδιοργανωμένος από το 1871 και η «Μακεδονική Φιλεκπαιδευτική Αδελφότητα», που ιδρύθηκε την ίδια χρονιά από τους Δυτικομακεδόνες της οθωμανικής πρωτευούσης. Μετά το σχίσμα, οι δραστηριότητες των κεντρικών αυτών φορέων εντάθηκαν και διακτινίσθηκαν με την ίδρυση κλαδικών φιλεκπαιδευτικών συλλόγων σε ολόκληρη την Μακεδονία: στις Σέρρες το 1870, στην Έδεσσα το 1872, στη Θεσσαλονίκη, το Μεγάροβο, την Πρωσοτσάνη και το Κρούσεβο το 1873, στο Δοξάτο και το Σιδηρόκαστρο το 1874, στη Στρώμνιτσα το 1875, στην Καβάλα το 1878 κ.α. Στις Σέρρες, εξάλλου, το 1871 διοργανώθηκε μεγάλο εκπαιδευτικό συνέδριο και το 1872 λειτούργησε και το πρώτο διδασκαλείο. Από το 1873, το Γυμνάσιο της Θεσσαλονίκης αναγνωρίσθηκε ως ισότιμο αυτών του ελληνικού κράτους. Το 1876 λειτουργούσαν ήδη τα πρώτα ελληνικά ημιγυμνάσια στην Καστοριά, στην Καβάλα, στη Βέροια, στην Κοζάνη και στη Δράμα. Στα τέλη της δεκαετίας του 1870 λειτουργούσαν ήδη 30 νηπιαγωγεία, πάνω από 360 κοινοτικά «δημοτικά» παντός τύπου (στα 200 φοιτούσαν και κορίτσια), 42 «ελληνικά» και επτά ημιγυμνάσια. Όπως ήταν επόμενο, σύντομα ο αριθμός των εισαγομένων στο Πανεπιστήμιο Αθηνών Μακεδόνων αυξήθηκε κατακόρυφα ενώ, με την αφθονία των καταρτισμένων διδασκάλων, η αλληλοδιδακτική μέθοδος άρχισε να υποχωρεί παντού. Τα τυπογραφεία αυξήθηκαν και τον Μάιο του 1875 κυκλοφόρησε η πρώτη ελληνική εφημερίδα στη Θεσσαλονίκη, ο Ερμής, από το τυπογραφείο του Σοφοκλή Γκαρμπολά, μικροτέρου αδελφού του Μιλτιάδη, που είχε ιδρύσει το πρώτο ελληνικό τυπογραφείο στην πόλη.
Το ελληνικό εκπαιδευτικό εγχείρημα, παρά τα εντυπωσιακά ποσοτικά αποτελέσματα, δεν ήταν απαλλαγμένο αντιπάλων και εμποδίων. Η πρόοδος της Εξαρχίας, στις αρχές της δεκαετίας, ήταν ήδη ορατή παντού στις περιοχές της Αχρίδος και των Πρεσπών ακόμη και μέσα στο Μοναστήρι (1873), στο Νευροκόπι (1870), την Έδεσσα (1870) αλλά και στην Κεντρική Μακεδονία, όπου ακόμη πιο αισθητά ήταν τα ευεργετικά αποτελέσματα της βουλγαρουνιτικής κινήσεως που είχε εκδηλωθεί από την προηγούμενη δεκαετία στις περιοχές του Κιλκίς, της Δοϊράνης και της Γευγελής. Το 1870 υπήρχαν ήδη εκεί διεσπαρμένα εβδομήντα βουλγαρικά σχολεία, χάρη στις δραστηριότητες του Μητροπολίτη Κιλκίς Παρθενίου. Το 1873, μάλιστα, έκανε την πρώτη αλλά σύντομη εμφάνισή του ο Ουνίτης Επίσκοπος Νείλος Ιζβόρωφ, ενώ το 1875 επισκέφθηκε τα Γιαννιτσά και το Κιλκίς ο ίδιος ο Ουνίτης Επίσκοπος Κωνσταντινουπόλεως, Ραφαήλ Ποπώφ. Την ίδια περίοδο εμφανίσθηκαν ρουμανικά σχολεία στην περιοχή του Κάτω Βερμίου (Ξηρολίβαδο και Βέροια), επιχειρήθηκε μάλιστα διείσδυση και στη Νάουσα. Παρά το γεγονός ότι τα επαναστατικά γεγονότα που ακολούθησαν δεν άφησαν ασυγκίνητους τους Μακεδόνες, ωστόσο οι πρώιμες αυτές επιτυχίες ήταν σαφής δείκτης της δυσφορίας σε βάρος ανωτέρων κληρικών παρά των εθνικών διαφοροποιήσεων. Είναι εξάλλου ενδεικτικό ότι η βουλγαρική εθνική ιδεολογία, που δεν είχε ακόμη χειραφετηθεί πλήρως από την σερβική επιρροή, βασανιζόταν ήδη από τις πρώτες εκδηλώσεις ενός μακεδονικού σεπαρατισμού, τον οποίο προωθούσε η νεόκοπη ελίτ των Σλαβοφώνων, μορφωμένη στην Αθήνα, το Βελιγράδι ή σε διάφορες ρωσικές πόλεις.
Το σημαντικότερο όμως εμπόδιο για τους Έλληνες δεν ήταν η συγκριτικά μικρή διάδοση της βουλγαρικής, της ρουμανικής και της σερβικής εκπαιδεύσεως αλλά οι ίδιες οι διπλωματικές εξελίξεις. Το καλοκαίρι του 1875 σημειώθηκε χριστιανική εξέγερση κοντά στο Μόσταρ της Ερζεγοβίνης, με αιτήματα οικονομικά. Παρά την υποχωρητική στάση της Πύλης στις πιέσεις της Αυστροουγγαρίας για μεταρρυθμίσεις, η εξέγερση την άνοιξη του 1876 επεκτάθηκε στη Βουλγαρία, δημιουργώντας έτσι -πέρα από το εκκλησιαστικό- και πολιτικό βουλγαρικό ζήτημα. Τον Μάιο της χρονιάς εκείνης, η σφαγή από τον μουσουλμανικό όχλο του Γάλλου και του Γερμανού προξένου στη Θεσσαλονίκη, με αφορμή την εμπλοκή τους σε μία περίπτωση εξισλαμισμού καθώς και τα αιματηρά τουρκικά αντίποινα στο βουλγαρικό χωριό Μπατάκ της Ροδόπης οδήγησαν στην κλιμάκωση της ευρωπαϊκής διπλωματικής παρεμβάσεως. Λίγες ημέρες αργότερα (30 Μαΐου), ο «ενδοτικός» στη Δύση Σουλτάνος Αβδούλ Αζίζ δολοφονήθηκε και τον Ιούνιο ακολούθησε η έκρηξη του ατυχούς για το Βελιγράδι Σερβοτουρκικού Πολέμου.
Η ελληνική πολιτική ήταν ενήμερη των εξελίξεων, αλλά αδυνατούσε να παρέμβει ουσιαστικά. Το καλοκαίρι του 1876, ο παλαίμαχος υποστηρικτής των πανορθοδόξων κινημάτων Λεωνίδας Βούλγαρης ενθαρρύνθηκε από Έλληνες και Σέρβους και δραστηριοποίησε το δίκτυο των ενόπλων στη Θεσσαλία και την Μακεδονία. Όμως η ενεργητικότερη συμμετοχή της Ελλάδος στον πόλεμο ήταν αδύνατη, μολονότι επιβεβλημένη από την Ελληνοσερβική Συνθήκη του 1867. Τον Δεκέμβριο του 1876, στη Διάσκεψη της Κωνσταντινουπόλεως οι εκπρόσωποι των Δυνάμεων, ερήμην των Τούρκων, αποφάσισαν τους όρους της ειρηνεύσεως. Αναφορικά με το βουλγαρικό ζήτημα, προβλεπόταν η δημιουργία δύο αυτοδιοικουμένων βιλαετίων, του ανατολικού και του δυτικού, με πρωτεύουσες το Τύρνοβο και τη Σόφια αντίστοιχα. Στο δεύτερο βιλαέτι, χάρη στις ρωσικές ενέργειες και παρά την εξαιρετικά ασθενή παρουσία Εξαρχικών μέχρι το 1876, περιλήφθηκαν οι περιοχές της Καστοριάς, της Φλωρίνης και της Εδέσσης. Προτάθηκε μάλιστα από τον Κόμη Ιγκνάτιεφ, κατά τη συζήτηση της συνθέσεως των κοινοτικών συμβουλίων, η γλώσσα ως κριτήριο για τον προσδιορισμό της εθνικότητος, εισήγηση καταστροφική για τα ελληνικά συμφέροντα. Η διακήρυξη παραχωρήσεως συντάγματος τις τελευταίες ημέρες του Δεκεμβρίου, έργο των Νεοτούρκων και του Μιδάτ Πασά, ακύρωσε τους όρους της διασκέψεως. Είχε όμως ήδη δημιουργηθεί ένα σοβαρό προηγούμενο για το μέλλον της Μακεδονίας, που κινδύνευε να ακυρώσει τα ελληνικά σχέδια για επέκταση όχι μέχρι τον Αίμο αλλά ούτε καν μέχρι το Μοναστήρι. Οι μαζικές αναφορές διαμαρτυρίας, που οι Έλληνες πρόξενοι στη Μακεδονία φρόντισαν να υποκινήσουν, δεν ήταν επαρκείς για να αποτρέψουν το επερχόμενο.
Λίγους μόνον μήνες αργότερα, ο κίνδυνος αναζωπυρώθηκε. Από τον Απρίλιο του 1877, ο ρωσικός στρατός άρχισε να προελαύνει στο έδαφος της αυτοκρατορίας. Στην Αθήνα οι μακεδονικοί κύκλοι, με πρωταγωνιστή τον δικηγόρο από το Βογατσικό Στέφανο Δραγούμη, δραστηριοποιήθηκαν με σαφή στόχο την επανάσταση. Θα προηγούνταν αποβάσεις στην Πιερία, την Χαλκιδική αλλά και την Ανατολική Μακεδονία, με απώτερο σκοπό την επαφή με τα ρωσικά στρατεύματα που βρίσκονταν στη Βουλγαρία. Όμως η διστακτικότητα της Ελλάδος να εμπλακεί πλήρως στον πόλεμο, καθυστέρησε την έκρηξη του κινήματος ανεπανόρθωτα, ενώ την ίδια περίοδο (1877) η Μακεδονία μαστίζονταν από ευρείας κλίμακος ληστρικές επιδρομές Αλβανών και άλλων ατάκτων. Η απόβαση του σώματος του Λοχαγού Κοσμά Δουμπιώτη στο Λιτόχωρο πραγματοποιήθηκε τον Φεβρουάριο του 1878, ελάχιστες ημέρες πριν από την ρωσοτουρκική προκαταρκτική συνθηκολόγηση στο προάστιο της Κωνσταντινουπόλεως Άγιο Στέφανο. Οι Ρώσοι επέβαλαν τη δημιουργία της «Μεγάλης Βουλγαρίας», που θα περιελάμβανε ολόκληρη την Μακεδονία με εξαίρεση την Θεσσαλονίκη, την Χαλκιδική και τις επαρχίες Κοζάνης και Σερβίων. Πολιτικός επίτροπος για την Μακεδονία ορίσθηκε ο πρώην πρόξενος στο Μοναστήρι, ο Χίτροβο. Το Δ΄ Σώμα του Ρωσικού Στρατού θα είχε ως έδρα του τα Σκόπια.
Τις ίδιες ημέρες, στο Λιτόχωρο συγκροτούνταν η «Προσωρινή Κυβέρνησις της Μακεδονίας» με πρόεδρο τον Ευάγγελο Κοροβάγγο, ενώ η επανάσταση εξαπλώνονταν στην Πιερία χάρη στις ενέργειες του Μητροπολίτη Κίτρους Νικολάου, του αρχιτσέλιγκα του Βερμίου Παύλου Μπατραλέξη και των Ολυμπίων ληστανταρτών. Για μία ακόμη φορά, για λόγους λανθασμένης στρατηγικής, η επανάσταση σύντομα εκφυλίσθηκε και οι δυνάμεις της Πιερίας υποχώρησαν στην Ελλάδα. Όμως στην περιοχή του Βούρινου, με βάση το πατριωτικό δίκτυο που υπήρχε από τα μέσα της δεκαετίας του 1860, είχε ήδη σχηματισθεί από τις 18 Φεβρουαρίου η «Προσωρινή Κυβέρνησις της εν Μακεδονία επαρχίας Ελιμείας». Πρόεδρός της ήταν ο Ιωάννης Γκοβεντάρος από την Κοζάνη και γραμματέας ο διδάσκαλος Αναστάσιος Πηχιών από την Αχρίδα, πρωτεργάτης του «Φιλεκπαιδευτικού Συλλόγου» της Καστοριάς και αντιπρόσωπος στην ίδια πόλη του «Συλλόγου προς Διάδοσιν των Ελληνικών Γραμμάτων». Στρατιωτικός διοικητής ορίσθηκε ο οπλαρχηγός Ιωσήφ Λιάτης, επικεφαλής 500 ενόπλων. Στη διάρκεια των ανοιξιάτικων και των θερινών μηνών του 1878, η κυβέρνηση αυτή ανέλαβε -με την ασθενή υποστήριξη των Αθηνών- να δείξει ότι οι ελληνικές εδαφικές βλέψεις δεν περιορίζονταν στην Ήπειρο και τη Θεσσαλία. Την προσπάθεια συνέδραμαν χιλιάδες ένοπλοι -που έφθασαν ίσως τους 15.000- από όλα τα ορεινά συγκροτήματα της περιοχής, ώστε στα τέλη του καλοκαιριού ένας γενικευμένος ανταρτοπόλεμος είχε κλιμακωθεί από την Κοζάνη μέχρι το Μοναστήρι. Ο χειμώνας του 1878 σταμάτησε -ή μάλλον ανέστειλε- τις επιχειρήσεις. Στο μεταξύ, το Συνέδριο του Βερολίνου είχε δώσει -περιορισμένη έστω- κρατική υπόσταση στη Βουλγαρία, με τη μορφή δύο αυτονόμων ηγεμονιών. Η ελληνική αντίδραση είχε καταγραφεί· το ίδιο όμως και η βουλγαρική, που το φθινόπωρο του 1878 πήρε τη μορφή ισχυρού κινήματος στις περιοχές της Κρέσνας και του Ράζλογκ. Το κίνημα κατεστάλη και η περιοχή του Πιρίν παρέμεινε τουρκική, όπως είχε αποφασισθεί στο Βερολίνο. Την επομένη χρονιά, τα σώματα της βουλγαρικής εθνοφρουράς έφθασαν μέχρι το Μορίχοβο και τα Κορέστια, για να ηττηθούν και πάλι. Η Ελλάς -και επισήμως πλέον- δεν ήταν η μοναδική διεκδικήτρια της μακεδονικής κληρονομιάς.
Την ήδη δύσκολη κατάσταση χειροτέρευσε κατά πολύ η πραξικοπηματική προσάρτηση της αυτόνομης Ηγεμονίας της Ανατολικής Ρωμυλίας από την βουλγαρική Ηγεμονία της Σόφιας και η συστηματική δράση βουλγαρικών συμμοριών στην Ανατολική Μακεδονία, το φθινόπωρο του 1885. Η ήττα των Σέρβων στον σύντομο πόλεμο που ακολούθησε και η ατελέσφορη πολύμηνη επιστράτευση (ο «ειρηνοπόλεμος») της Ελλάδος μεγιστοποίησαν τη σημασία της προσαρτήσεως. Η Μακεδονία ήταν σαφώς ο επόμενος στόχος της Σόφιας, η οποία διέθετε και το θάρρος και την τεχνογνωσία για να τον κατακτήσει. Οι ελληνικές πηγές της περιόδου είναι γεμάτες από μικρές ιστορίες και περιστατικά, που περιγράφουν πώς ο βουλγαρισμός, ως ακμαία πολιτική δύναμη στη Μακεδονία, εκμεταλλεύθηκε και χρωμάτισε όλες τις κοινοτικές και κοινωνικές διαφορές, ειδικά μέσα στα αστικά κέντρα. Μικροί, έστω, πυρήνες ή προσωπικές παρεμβάσεις ήταν αρκετές, ώστε να εκκινήσουν καταλυτικές αντιδράσεις και να μορφοποιηθούν εθνικο-πολιτικές παρατάξεις. Το άνοιγμα βουλγαρικού σχολείου, κοινή επιδίωξη τόσο των Εξαρχικών όσο και των Ουνιτών, ήταν η σαφέστερη έκφραση της διαφοροποιήσεως και ταυτόχρονα πολλαπλασιαστής της αναταραχής, με δεδομένη την αρχική άρνηση (1883) της Πύλης να αποδεχθεί εξαρχικούς επισκόπους στα εδάφη της. Το 1888, σε ολόκληρη την Ευρωπαϊκή Τουρκία (Μακεδονία και Θράκη) λειτουργούσαν 485 βουλγαρικά σχολεία με 686 διδασκάλους και 23.600 μαθητές. Το 1893 η Πύλη ανεγνώρισε επισήμως την λειτουργία τους και τα εξομοίωσε λειτουργικά με τα ελληνικά. Παράλληλες ήταν οι επιτυχίες και στο εκκλησιαστικό επίπεδο. Η Σόφια, εκμεταλλευόμενη τις διακυμάνσεις των ελληνοτουρκικών σχέσεων, πέτυχε τον διορισμό εξαρχικών επισκόπων στην Αχρίδα και τα Σκόπια το 1890, ενώ στα Βελεσά και στο Νευροκόπι το 1894. Σύμφωνα με έναν υπολογισμό, το 1891 στην περιοχή Καστοριάς 13 μόνο σλαβόφωνα χωριά (σε σύνολο 53) είχαν προσχωρήσει στην Εξαρχία και στην περιοχή Μοναστηρίου 24 από τα 100. Το 1894, οι αριθμοί είχαν αυξηθεί σε 26 και 42 αντίστοιχα.
Και δεν ήταν μόνον οι Βούλγαροι. Οι Ρουμάνοι προωθούσαν με το ζήλο της νεόκοπης ανεξαρτησίας την δική τους προπαγάνδα κυρίως στο Βιλαέτι του Μοναστηρίου, όπου οι βλάχικες δημογραφικές νησίδες ήταν συμπαγείς. Το 1887, η ετήσια επιχορήγηση των 29 δημοτικών και των τριών γυμνασίων τους λέγεται ότι έφθανε τα 120.000 φράγκα ετησίως. Η κάθοδος της Σερβίας προς το Νότο, στη Νις, σε εδάφη που της παραχωρήθηκαν στο Βερολίνο και το όραμα απελευθερώσεως της «παλαιάς Σερβίας», με αυστριακή μάλιστα ενθάρρυνση, προσέθετε έναν ακόμη ορατό διεκδικητή που ήταν διατεθειμένος να επενδύσει πολύ περισσότερα από τους Ρουμάνους στην εκπαίδευση των Μακεδόνων. Τον ρόλο αυτό ανέλαβε από το 1886 η εκπαιδευτική εταιρεία «Άγιος Σάββας», υπό την επιτήρηση των δύο σερβικών προξενείων που άνοιξαν στα Σκόπια το 1887 και στο Μοναστήρι το 1888. Το 1887 γράφηκε στον προϋπολογισμό της Σερβίας ποσό τεσσάρων εκατομμυρίων φράγκων για την εξυπηρέτηση ποικίλων εθνικών αναγκών στη Μακεδονία. Το 1891 η Σερβική Κυβέρνηση, με ρωσική υποστήριξη, αξίωσε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο την τοποθέτηση Σέρβων επισκόπων, τη σύσταση σχολείων και την άδεια χρήσεως της σλαβικής γλώσσης στους ναούς και τα σχολεία των κοινοτήτων που βρίσκονταν εντός του πεδίου των βλέψεων του Βελιγραδίου. Το Πατριαρχείο καταρχήν αρνήθηκε. Εκ των πραγμάτων όμως οδηγήθηκε το 1892 σε συμβιβασμό, προκειμένου να κρατήσει εκτός της Εξαρχίας -με τίμημα την ελληνική γλώσσα- όσο το δυνατόν περισσότερες κοινότητες των βορείων επισκοπών. Στα 1893-94, λειτουργούσαν ήδη στο Κόσοβο 117 σερβικά σχολεία με 5.500 μαθητές. Είναι επίσης σημαντικό για την εκτίμηση των ελληνικών προβλημάτων και ενδεικτικό των κοινωνικών διεργασιών που επιτελούνταν, ότι ακόμη και σε πόλεις ή χωριά όπου δεν υπήρχε εξαρχική ρουμανική ή σερβική παράταξη, ξεσπούσαν σφοδρές πολιτικές διαμάχες μεταξύ των φιλελευθέρων και των συντηρητικών.
Τί καλύτερο μπορούσε να κάνει η Ελλάς; Το 1880 προκηρύξεις υπογεγραμμένες από μικτή επιτροπή (ελληνική, σλαβική και αλβανική) ζητούσαν από τους Ευρωπαίους προξένους τη σύσταση προσωρινής κυβερνήσεως και την αυτονόμηση της Μακεδονίας. Επρόκειτο μάλλον για ένα ακόμη ατελέσφορο και θολό σχέδιο του Λεωνίδα Βούλγαρη. Όμως ο καιρός των ιδιωτών είχε παρέλθει κι αυτό φάνηκε καθαρά λίγο αργότερα από την εύκολη εξάρθρωση και τη σύλληψη των μελών (1886-7) του δικτύου του Αναστασίου Πηχιών στη Δυτική Μακεδονία. Η προσάρτηση της Θεσσαλίας, το 1881, είχε φέρει την Μακεδονία πιο κοντά στην Αθήνα και διευκόλυνε σαφώς την επιτήρησή της. Εξάλλου και ο αριθμός των ελληνικών προξενείων σύντομα αυξήθηκε στα έξι με έδρες όχι μόνο την Θεσσαλονίκη και το Μοναστήρι αλλά και την Καβάλα, τις Σέρρες, τα Σκόπια και την Ελασσόνα. Ήταν απαραίτητη πλέον η ενεργητικότερη συμμετοχή των Αθηνών στην εκπαιδευτική διαδικασία καθώς και ο συντονισμός τους με τους εκκλησιαστικούς φορείς και μάλιστα με το Πατριαρχείο. Κανένας όμως από τους δύο στόχους δεν ήταν εύκολο να επιτευχθεί. Ο «Σύλλογος προς Διάδοσιν των Ελληνικών Γραμμάτων», παρά την σημαντική αύξηση της κρατικής επιχορηγήσεως από 100.000 δραχμές το 1879, σε 250.000 το 1880 και 440.000 το 1883, δεν μπορούσε να καλύψει τις αυξημένες απαιτήσεις. Στο Βιλαέτι Μοναστηρίου, το 1883 η μέση ετήσια επιχορήγηση των 16 ρουμανικών σχολείων ήταν άνω των 120 λιρών Τουρκίας ανά σχολείο, ενώ των 310 ελληνικών (αλλά και των 74 βουλγαρικών) μόλις το 1/3 του ποσού. Η καθυστέρηση της κρατικής επιχορηγήσεως οδηγούσε στην αργοπορημένη καταβολή των δεδουλευμένων και πολλές φορές επέτασσε οδυνηρές αποφάσεις περιστολής της λειτουργίας εκπαιδευτηρίων, τα οποία δεν κρίνονταν «εθνικώς» αποδοτικά. Η έλλειψη πόρων επέτεινε την ένταση στις σχέσεις συλλόγων, κοινοτήτων και προξένων. Η «Επιτροπή προς Ενίσχυσιν της Ελληνικής Εκκλησίας και Παιδείας», που διορίσθηκε από το Υπουργείο των Εξωτερικών το 1887, ανέλαβε να ομαλοποιήσει την κρατική χρηματοδότηση αλλά η συγκυρία, μετά τις τεράστιες δαπάνες της επιστρατεύσεως του 1885-86, ήταν εντελώς αρνητική. Η φειδώ γενικεύθηκε και το 1889 η διαμαρτυρία των εκπαιδευτικών στη Μακεδονία ήταν γενική. Οι νέες περικοπές οδηγούσαν στην ανεπαρκή χρηματοδότηση των μικρών κοινοτήτων, όπου έλλειπαν οι εναλλακτικοί πόροι αλλά ήταν αυξημένες οι εθνικές ανάγκες και έτσι τις οδηγούσαν με μαθηματική ακρίβεια στο εξαρχικό στρατόπεδο. Επρόκειτο για έναν φαύλο κύκλο, που μερικές γενναίες δωρεές ιδιωτών δεν μπορούσαν να ανακόψουν. Παρ' όλα αυτά, την σχολική χρονιά 1894-95 λειτουργούσαν σε ολόκληρη την Μακεδονία πάνω από 900 σχολεία με 53.500 μαθητές. Σοβαρά προβλήματα σημάδευσαν την ίδια περίοδο και τις σχέσεις των εκκλησιαστικών με τις ελληνικές προξενικές αρχές, έκφραση των οποίων ήταν και η παραίτηση του Πατριάρχου Ιωακείμ Γ΄, το 1884. Ειδικά η περίοδος 1886-1894, χαρακτηρίζεται από την αυξημένη παρουσία μητροπολιτών, οι οποίοι ταλαντεύονταν ανάμεσα στην ανάγκη του οικουμενικού θρόνου να αποφύγει την επιδείνωση της ρήξεως με την Εξαρχία -που δεν ήταν άλλωστε το μοναδικό μέτωπο της εκκλησίας στα Βαλκάνια- και στις εθνικές επιταγές, προς τις οποίες τους καλούσαν επιτακτικά -και ενίοτε προσβλητικά- να συμμορφωθούν οι Έλληνες πρόξενοι.