Σε ...λαϊκό ανάγνωσμα έχουν γίνει πλέον τα δημοσιεύματα που αφορούν το αστυνομικό μέρος της κρίσης στην Εκκλησία. Πρακτοριλίκια, κατασκοπία, μπίζνες στα Βαλκάνια, εμπόριο ναρκωτικών συνθέτουν το γκρίζο σκηνικό με το οποίο «βομβαρδίζουν» το κοινό τους τα έντυπα και ηλεκτρονικά ΜΜΕ.
Η «Κυριακάτικη Ελευθεροτυπία» γράφει πως στο Πρωτοδικείο της Αθήνας εκκρεμούσε από τα έτη 2002 - 2004 ανάκριση σε βάρος του Α. Βαβύλη για υπόθεση ναρκωτικών με αίτημα δικαστικής συνδρομής από τις ιταλικές αρχές. Η δικογραφία με καταδικαστική απόφαση δικαστηρίου της Βενετίας έκανε δυο χρόνια για να μεταφραστεί από τις ελληνικές αρχές, ώστε να κληθεί ο Α. Βαβύλης να απολογηθεί. Σε άλλο της δημοσίευμα αναφέρει ότι το 1979 ως φοιτητής της κτηνιατρικής σχολής Θεσσαλονίκης εντάχθηκε στην ΠΠΣΠ, από όπου διαγράφτηκε ένα χρόνο μετά ως «συνεργάτης των αρχών ασφαλείας».
Η εφημερίδα «Το Παρόν» υποστηρίζει ότι ο αστυνομικός υποδιευθυντής Β. Ταρνάρης υποχρεώθηκε σε παραίτηση από την ηγεσία της ΕΛ.ΑΣ, για να μη συνδεθεί η υπόθεση του Α. Βαβύλη με την υπόθεση παραλαβής του περιβόητου ασύρματου συστήματος επικοινωνίας C4I, αλλά και με την προμήθεια συστημάτων ασφαλείας για ξενοδοχειακά συγκροτήματα κατά την περίοδο των Ολυμπιακών Αγώνων. Ο αστυνομικός ήταν πρόεδρος της επιτροπής παραλαβής του και ήταν διοικητής του αστυνομικού τμήματος Καπανδριτίου, όταν εκδόθηκε από αυτό το 2001 η αστυνομική ταυτότητα του Α. Βαβύλη, η οποία εκδόθηκε με πλαστά έγγραφα. Αλλο ρεπορτάζ αναφέρει πως η Κρατική Ασφάλεια θα επανεξετάσει τις συνθήκες κάτω από τις οποίες εκδόθηκαν άδειες οπλοφορίας τη χρονική περίοδο που ο Γ. Τριανταφυλλάκης ήταν επικεφαλής του τμήματος όπλων και εκρηκτικών. Εξαλλου γράφει ότι η εισαγγελέας Πρωτοδικών Ελένη Σωτηροπούλου θα καλέσει για κατάθεση τον πρώην διοικητή της ΕΥΠ, Χ. Σταυρακάκη, για να διαπιστωθεί αν ο Α. Βαβύλης ήταν πράκτορας της υπηρεσίας. Επίσης, η έρευνά της θα επεκταθεί σε δύο πρόσωπα που κατείχαν καίριες θέσεις στο υπουργείο Δημόσιας Τάξης επί υπουργίας Γ. Ρωμαίου.
Σε άλλο δημοσίευμά της υποστηρίζει πως υπάρχει άμεση εμπλοκή του Αλ. Ρόντου στο χειρισμό του «πολυπράκτορα» Α. Βαβύλη, όταν ήταν σύμβουλος του Γ. Παπανδρέου κατά τη διάρκεια της θητείας του ως υπουργού Εξωτερικών. Ο πρώην σύμβουλος ήταν υπεύθυνος της διεύθυνσης διεθνούς ανάπτυξης συνεργασίας του υπουργείου Εξωτερικών που έδινε χρήματα σε μη κυβερνητικές οργανώσεις και διαχειριζόταν μυστικά κονδύλια. Σύμφωνα με πληροφορίες της εφημερίδας, ο Αλ. Ρόντος με δική του πρωτοβουλία είχε χρηματοδοτήσει τον Α. Βαβύλη μέσω μυστικών κονδυλίων, ενώ όταν πήγε για πρώτη φορά στην Ιερουσαλήμ ήταν εφοδιασμένος με διπλωματικό διαβατήριο. Η ανεξέλεγκτη ροή κονδυλίων δίχως παραστατικά είναι γνωστή και στη σημερινή ηγεσία του υπουργείου Εξωτερικών η οποία σιωπά, ενώ ορισμένοι κάνουν λόγο για αμερικανικές πιέσεις συγκάλυψης.
Ρεπορτάζ του «Τύπου της Κυριακής» ισχυρίζεται ότι ο Α. Βαβύλης διατηρούσε ειδικές σχέσεις με τον Βεχμπί Αλί Μουτσάι, επικεφαλής της εταιρίας VEFA (σ.σ. πρόκειται για τα παρατραπεζικά κυκλώματα των «πυραμίδων» στην Αλβανία). Παρουσιάζει έγγραφα των ελληνικών αρχών ασφαλείας, τα οποία αναφέρουν ότι ο Β. Α. Μουτσάι ξεκίνησε τις δραστηριότητές του με λαθρεμπόριο καυσίμων και συνέχισε με όπλα και ναρκωτικά. Ανέπτυξε σημαντικές δραστηριότητες σχετικά με τον εφοδιασμό ειρηνευτικών τμημάτων σε Βοσνία - Ερζεγοβίνη και Σκόπια, ενώ υπάρχουν φωτογραφίες που τον εμφανίζουν με τον πρώην ΓΓ του ΝΑΤΟ, Χ. Σολάνα. Επίσης, χρησιμοποιείται μια εταιρία με το όνομα OCRA που εδρεύει στο Λονδίνο ως προκάλυμμα ξένης υπηρεσίας πληροφοριών και στελέχη της συνεργάζονται με Κοσσοβάρους. Ο υποδιευθυντής της είναι ανώτερος αξιωματικός υπηρεσίας πληροφοριών. Η εφημερίδα ισχυρίζεται πως ο Α. Βαβύλης με το όνομα Α. Καβελαράς - την εποχή της ακμής των «πυραμίδων» στη γειτονική χώρα - είχε συντάξει αναφορά στην ΕΛ.ΑΣ παριστάνοντας την εμπλοκή του Β. Α. Μουτσάι με το παρατραπεζικό κύκλωμα ως «δημοσιογραφική παρανόηση». Το παζλ των πρακτόρων του Αλβανού «επιχειρηματία» είχε φέρει στη Βουλή το 1999 ο αντιπρόεδρος της Γ. Σούρλας.
Δημοσίευμα της «Ελευθεροτυπίας» αναφέρεται στα μυστικά κονδύλια της ΕΥΠ και της ΕΛ.ΑΣ που το 2005 θα φτάσουν στο ύψος των 11.000.000 ευρώ. Τα χρήματα διατίθενται για την αγορά πληροφοριών και την προμήθεια μυστικών εξοπλισμών. Οι τελευταίοι χαρακτηρίζονται απόρρητοι διότι είναι προφανές πως προσβάλλουν τη σφαίρα των ατομικών δικαιωμάτων. Τα 5.000.000 ευρώ των απόρρητων δαπανών της ΕΥΠ απορροφώνται από τις διευθύνσεις κατασκοπίας (διεθνής συλλογή πληροφοριών), αντικατασκοπίας (αντιτρομοκρατικές δραστηριότητες εσωτερικού ενδιαφέροντος) και έψιλον (προμήθειες απόρρητου εξοπλισμού). Τακτική του Υπουργείου Δημόσιας Τάξης είναι να αναπτύσσονται δίκτυα πληροφοριών σε όλες τις αστυνομικές υπηρεσίες καθώς και μηχανισμοί αξιολόγησής τους.