Το 1388 όταν η Αττική περιήλθε στον Φλωρεντινό οίκο των Ατζαγιόλι, η Ελευσίνα εξακολουθεί να είναι ακατοίκητη.
Την ίδια ακριβώς εποχή οι Αλβανοί ολοκλήρωναν τη διείσδυσή τους στην Ελλάδα, ως το 1333 που δήλωσαν υποταγή στον Βυζαντινό αυτοκράτορα. Νέες αλβανικές ομάδες εγκαταστάθηκαν γύρω στα μέσα του 14ου αι. και τις αρχές του 15ου αιώνα . Αυτοί με τους λίγους ντόπιους, λόγω των επιδρομών, αποσύρονται στα ενδότερα, στα ΚΟΥΝΤΟΥΡΑ, διαλέγουν τη γη όπου ζουν για αιώνες την γεωργική και ποιμενική τους ζωή. Οι Κουντουριώτες Αρβανίτες μόνο προς το τέλος της Τουρκοκρατίας θα κινηθούν προς τη Μάνδρα, τη Μαγούλα και την Ελευσίνα, αφομοιωμένοι πια με τους άλλους κατοίκους της Αττικής.
Το 1458 η Αττική καταλαμβάνεται από τους Τούρκους οριστικά. Τον ίδιο χρόνο δίνονται τα πρώτα προνόμια στους κατοίκους της περιοχής, δημιουργείται ο καζάς ( περιφέρεια) των Αθηνών που περιλαμβάνει την περιοχή της Ελευσίνας αλλά από την Ελευσίνα ως το Μάζι και την Περαχώρα.
Με διαταγή του 1680 οι Τούρκοι ανανεώνουν τους τίτλους ιδιοκτησίας των Κουντουριωτών και έτσι αυτοί συνεχίζουν να μένουν στην περιοχή.
Η παγίωση της Τούρκικης κυριαρχίας, κυρίως όμως ο περιορισμός των πειρατών, άνοιξαν το δρόμο στους Κουντουριώτες προς τη θαλάσσια περιοχή.
Το 18ο αι. ο πληθυσμός έμεινε σταθερός, παρά την κάποια κίνηση που αναπτύσσει το λιμάνι της Ελευσίνας. Το 1798 αναφέρεται ότι ο πληθυσμός φθάνει τους 200. ( Olivier). Οι γύρω περιοχές όμως παρουσιάζουν όψη κωμοπόλεων: Το Μάζι είχε 30 σπίτια, τα Κούντουρα 300 σπίτια, τα Βίλια 150.
Το 1815 ο Pouqueville αναφέρει ότι βρήκε στην Ελευσίνα σαράντα οικογένειες, που καλλιεργούσαν την πεδιάδα και στο λιμάνι έφθαναν μικρά πλοία για να φορτώσουν ελιές, ρετσίνι, κρασί και λίγο στάρι. Ένα χάνι, ένα τελωνείο και λίγα μαγαζιά ήταν τα μόνα οικήματα. Στα Κούντουρα ζούσαν 300 οικογένειες, με 2100 κατοίκους συνολικά, από τους οποίους οι 730 αρματωμένοι.